International Journal of Hematology and Oncology
2020, Vol 30, Num 1 Page(s): 011-022
| Back | Table of Contents | Abstract | PDF | Similar Articles | Mail to Author | |
Papiller Tiroid Kanserinde Anahtar Genlerin Transkriptom Analizi ile Saptanması
Deniz SUNNETCI AKKOYUNLU1, Elif Busra ISIK2, Ilhan TARKUN3, Naci CINE1, Nuh Zafer CANTURK4, Nisa DEVRIM UZKUL2, Elmas Tuna ISKENDEROGLU2, Seda EREN KESKIN1, Hakan SAVLI1
1Kocaeli University, Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Kocaeli, TURKEY
2Kocaeli University, Health Sciences Institute, Department of Medical Genetics and Molecular Biology, Kocaeli, TURKEY
3Anadolu Health Center, Department of Endocrinology and Metabolism, Kocaeli, TURKEY
4Kocaeli University, Faculty of Medicine, Department of General Surgery, Kocaeli, TURKEY
Keywords: Koagülasyon sistemi, Diferansiyel olarak eksprese olan genler, Gen ekspresyon profili, Papiller tiroid kanseri, Stratifin
Papiller tiroid kanseri (PTK), tiroid kanser tipleri arasında en yaygın olanıdır. PTK’ lerin prognozları oldukça iyidir fakat agresif formlara da dönüşebilirler. Bu çalışmada PTK örnekleri ile normal kontroller arasında diferansiyel olarak eksprese olan genleri (DEG) tanımlamayı amaçladık. 20 PTK numunesi ve 10 kontrol arasındaki DEG’leri tanımlamak için gen ekspresyon mikrodizinlerini kullandık. PTK ile ilişkili biyolojik süreçleri ve sinyal yolaklarını bulmak için zenginleştirme analizleri yaptık ve hastalıkta rol oynayan anahtar genleri saptamak amacıyla da protein-protein etkileşim (PPE) ağları oluşturduk. PTK örneklerinin normal kontroller ile karşılaştırılması sonucu 1554 ekspresyonu artan ve 912 ekspresyonu azalan gen tespit ettik. Koagülasyon sistemi en anlamlı yolak olarak saptanırken, SERPINA1 bu yolakta ekspresyonu en fazla artan gen olarak tanımlandı. CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2, PPE ağlarında anahtar genler olarak tespit edildi. Nedensel ağ analizleri, çalışmamızda ekspresyonu artan genlerden biri olarak saptanan SFN’nin, PTK için en nedensel upstream regülatör olduğunu ortaya koydu. Sonuç olarak, SERPINA1, CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2’nin ekspresyon değişimleri PTK gelişimine neden olabilir. SFN, PTK için tanıda, prognozda ve yeni antikanser ilaç geliştirme yaklaşımlarında kullanılabilir. Çalışmamızda saptanan DEG’lerin fonksiyonlarını tanımlamak için ileri çalışmalar gerekmektedir.
Deniz SUNNETCI AKKOYUNLU1, Elif Busra ISIK2, Ilhan TARKUN3, Naci CINE1, Nuh Zafer CANTURK4, Nisa DEVRIM UZKUL2, Elmas Tuna ISKENDEROGLU2, Seda EREN KESKIN1, Hakan SAVLI1
1Kocaeli University, Faculty of Medicine, Department of Medical Genetics, Kocaeli, TURKEY
2Kocaeli University, Health Sciences Institute, Department of Medical Genetics and Molecular Biology, Kocaeli, TURKEY
3Anadolu Health Center, Department of Endocrinology and Metabolism, Kocaeli, TURKEY
4Kocaeli University, Faculty of Medicine, Department of General Surgery, Kocaeli, TURKEY
Keywords: Koagülasyon sistemi, Diferansiyel olarak eksprese olan genler, Gen ekspresyon profili, Papiller tiroid kanseri, Stratifin
Papiller tiroid kanseri (PTK), tiroid kanser tipleri arasında en yaygın olanıdır. PTK’ lerin prognozları oldukça iyidir fakat agresif formlara da dönüşebilirler. Bu çalışmada PTK örnekleri ile normal kontroller arasında diferansiyel olarak eksprese olan genleri (DEG) tanımlamayı amaçladık. 20 PTK numunesi ve 10 kontrol arasındaki DEG’leri tanımlamak için gen ekspresyon mikrodizinlerini kullandık. PTK ile ilişkili biyolojik süreçleri ve sinyal yolaklarını bulmak için zenginleştirme analizleri yaptık ve hastalıkta rol oynayan anahtar genleri saptamak amacıyla da protein-protein etkileşim (PPE) ağları oluşturduk. PTK örneklerinin normal kontroller ile karşılaştırılması sonucu 1554 ekspresyonu artan ve 912 ekspresyonu azalan gen tespit ettik. Koagülasyon sistemi en anlamlı yolak olarak saptanırken, SERPINA1 bu yolakta ekspresyonu en fazla artan gen olarak tanımlandı. CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2, PPE ağlarında anahtar genler olarak tespit edildi. Nedensel ağ analizleri, çalışmamızda ekspresyonu artan genlerden biri olarak saptanan SFN’nin, PTK için en nedensel upstream regülatör olduğunu ortaya koydu. Sonuç olarak, SERPINA1, CCND1, PGR, CEBPA, CDKN1A, SPDEF, PLAU ve MDM2’nin ekspresyon değişimleri PTK gelişimine neden olabilir. SFN, PTK için tanıda, prognozda ve yeni antikanser ilaç geliştirme yaklaşımlarında kullanılabilir. Çalışmamızda saptanan DEG’lerin fonksiyonlarını tanımlamak için ileri çalışmalar gerekmektedir.
| Back | Table of Contents | Abstract | PDF | Similar Articles | Mail to Author | |